役員会
中期目標についての意見及び年度計画に関する事項、法に定める文部科学大臣の認可又は承認を受けなければならない事項、予算の作成及び執行並びに決算に関する事項 、大学共同利用機関その他の重要な組織の設置又は廃止に関する事項 、内部統制に関する事項などを審議する。
機構長選考・監察会議
経営協議会
中期目標についての意見や中期計画及び年度計画に関する事項のうち機構の経営に関するもの、会計規程・役員の報酬等支給基準・職員の給与等支給基準 の制定又は改廃、予算作成及び執行並びに決算、組織及び運営についての自己点検評価に関する事項など、機構の経営に関する重要事項を審議する。
教育研究評議会
中期目標についての意見や中期計画及び年度計画に関する事項(機構の経営に関するものを除く)、教育研究に係る重要な規則の制定又は改廃、教員人事、共同利用・共同研究の実施、大学院教育、教育研究状況の自己点検評価に関する事項など、機構の教育研究に関する重要事項を審議します。
運営会議
教育研究評議会が定めた教員人事の基本的な方針に基づく当該研究所等の教員の採用及び昇任のための選考、副所長、研究主幹、センター長の選考、技術調整役及び技術副主幹の人事、研究所等に係る共同利用・共同研究計画に関する事項その他研究所等の運営に関する重要事項について審議する。
所長会議
機構の経営及び教育研究に関する重要事項について協議・調整を行う。