沿革
| 昭和29年（1954） | 原子核研究所設立準備委員会 発足 | |
| 昭和30年（1955） | 東京大学原子核研究所設立 | |
| 昭和32年（1957） | 9月：FFサイクロトロン完成 | |
| 昭和33年（1958） | 5月：FMサイクロトロン完成
6月：FFサイクロトロン共同利用実験開始 |
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| 昭和35年（1960） | 10月：FMサイクロトロン共同利用実験開始 | |
| 昭和36年（1961） | 12月：電子シンクロトロン（ES）で 750 MeV まで加速に成功 | |
| 昭和38年（1963） | 4月：ES共同利用実験開始 | |
| 昭和39年（1964） | 4月：素粒子研究所準備室設置 | |
| 昭和41年（1966） | 3月：ESエネルギー 1.3 GeVに増強成功 | |
| 昭和46年（1971） | 高エネルギー物理学研究所設立 | |
| 昭和51年（1976） | 3月：陽子加速器（PS）で 8 GeVまで加速に成功 12月：PSで 12 GeVまで加速に成功 |
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| 昭和52年（1977） | 5月：PSによる共同利用実験開始 | 12月：SFサイクロトロン共同利用実験開始 |
| 昭和53年（1978） | ブースター利用施設新設 放射光実験施設（PF）新設 |
東京大学理学部附属施設として中間子科学実験施設設立 |
| 昭和55年（1980） | 7月：ブースター利用施設の共同利用実験開始 | |
| 昭和57年（1982） | 3月：PFで 2.5 GeVの電子の蓄積に成功 | |
| 昭和58年（1983） | 6月：PFの共同利用実験開始 | |
| 昭和59年（1984） | 7月：トリスタン入射蓄積リング（AR）で電子を 6.5 GeV まで加速に成功 | |
| 昭和60年（1985） | 10月：トリスタン入射蓄積リングで陽電子を 5.0 GeVまで加速に成功 | |
| 昭和61年（1986） | 11月：トリスタン主リング（MR）で電子と陽電子を 25.5 GeV まで加速に成功 | |
| 昭和62年（1987） | 5月：トリスタンの共同利用実験開始 | |
| 昭和63年（1988） | 4月：中間子科学実験施設は中間子科学研究センターに改組
11月：トリスタン超伝導加速空洞により電子と陽電子を 30 GeV まで加速に成功 |
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| 平成元年（1989） | 総合研究大学院大学加速器科学、放射光科学専攻を設置 | 9月：TARNII電子冷却成功 |
| 平成5年（1993） | 3月：高分解能オンライン質量分離器完成 | |
| 平成6年（1994） | 6月：Bファクトリー建設開始 | |
| 平成7年（1995） | 12月：トリスタンMRの運転終了 | |
| 平成9年（1997） | 4月：東京大学原子核研究所と同理学部中間子科学研究センターを合併再編して高エネルギー加速器研究機構の設置 | 4月：高エネルギー加速器研究機構 田無分室の設置 |
| 平成10年（1998） | 12月：Bファクトリービーム蓄積に成功 | |
| 平成11年（1999） | 4月：総合研究大学院大学素粒子原子核専攻を設置
5月：長基線ニュートリノ振動実験（K2K実験）開始 6月：BファクトリーのBelle実験開始 |
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| 平成13年（2001） | 3月：田無分室がつくばに移転
大強度陽子加速器建設開始 |
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| 平成16年（2004） | 4月：大学共同利用機関法人 高エネルギー加速器研究機構発足
11月：K2K実験終了 |
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| 平成17年（2005） | 4月：東海キャンパスの設置
12月：PS（12GeV）による共同利用実験終了 |
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| 平成18年（2006） | 2月：J-PARCセンターを日本原子力研究開発機構と共同で設置
3月：ブースター利用施設の共同利用実験終了 |
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| 平成19年（2007） | 1月：J-PARC リニアック所期性能 181 MeV を達成
10月：J-PARC 3GeVシンクロトロン初期性能 3 GeV を達成 |
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| 平成20年（2008） | 小林誠特別栄誉教授（素粒子原子核研究所元所長）がノーベル物理学賞を受賞 | |
| 平成21年（2009） | 日本原子力研究開発機構と共同建設のJ-PARCが完成 | |
| 平成22年（2010） | 6月：Belle実験終了 | |
| 平成23年（2011） | SuperKEKB建設開始 | |
| 平成28年（2016） | SuperKEKBプロジェクトPhase1始動 |